A szövetség legfőbb szerve a Választmány. A Választmány két ülése között a szövetség működését a négy évre megválasztott kilenc tagú Elnökség irányítja. A szövetség vezető tisztségviselője az Elnök, valamint tisztségviselője az Elnökhelyettes, akik munkájukat társadalmi megbizatásban látják el. A szövetség felügyelő szerve a három tagú Ellenőrző Testület. Az Elnökség Szakmai Bizottságokat hozhat létre, ezek működésének szabályait az SZMSZ tartalmazza. A szervezet állandó működését a Szövetség Országos Központja biztosítja, melynek vezetője az Igazgató. Az igazgató a szövetség operatív irányításáért felelős, Elnökség által kinevezett, nem választott tisztségviselő.
Választmány
A Szövetség legfőbb szerve a Választmány, amelyet évente legalább egy alkalommal össze kell hívni. Résztvevői a tagszervezetek küldöttei, az Elnökség tagjai, az Ellenőrző Testület, a Fegyelmi Bizottság, a Szövetség Országos Központja és a bizottságok képviselői. A Választmány hatáskörébe tartozik többek közt az alapszabály, a tisztújítás, a költségvetési terv és a természetjárás hosszú távú fejlesztési koncepciója. A Válaszmányi ülés határozatai a Dokumentumtár menüpont alatt találhatóak.
Ellenőrző Testület
A Szövetség felügyelő szerve az Ellenőrző Testület. Az egy elnökből és két tagból álló testület tagjai megbízatásuk ideje alatt más tisztséget nem tölthetnek be a Szövetségben. A Testület tevékenységéért kizárólag a Választmánynak felelős. A Testület ellenőrzi a Szövetség működését és gazdálkodását. Köteles az intézkedésre jogosult szervet tájékoztatni, ha a Szövetség munkája során szabálysértést, mulasztást tapasztal.
Elnökség
A Választmány két ülése között a Szövetséget a kilenc tagú (elnök, elnökhelyettes, elnökségi tagok) Elnökség irányítja. A tagokat a Választmány négy évre választja meg, munkájukat társadalmi megbízatásban végzik. Az Elnökség szükség szerint, de legalább évente négy ülést tart. Az Elnökség gyakorolja a tulajdonosi jogokat, képviseli a Szövetséget, végrehajtja a Választmány határozatait és felel a gazdálkodási rend betartásáért. Az Elnökségi határozatok a Dokumentumtár menüpont alatt találhatóak.
Fegyelmi Bizottság
Feladata a Szövetség hatáskörébe tartozó fegyelmi eljárások lefolytatása. Az eseti jelleggel felálló testület tagjait az Elnökség választja meg, az eljárásra pedig határozatban bízza meg a Bizottságot.
Országos Központ
Az Országos Központ irányítja a szövetség munkáját, koordinál az Elnökség, a Választmány és a bizottságok között.
Igazgató
Az Országos Központ vezetője, aki a Szövetség operatív irányításáért felelős. Az Elnökség nevezi ki, nem választott tisztségviselő.
Szakmai igazgatóság
Az MTSZ természetjáró szakmai feladatainak elvégzése az Alapszabály szerint.
Marketingkommunikációs igazgatóság
Az MTSZ feladatai közé tartozik a kulturált természetjárás népszerűsítése minden korosztály számára.
Gazdasági igazgatóság
A közhasznú MTSZ működésének teljeskörű gazdasági, jogi feladatainak ellátása.
Szakmai bizottságok
Kéktúra Bizottság
A Kéktúra Bizottság tagjai az Országos Kékkörrel (Országos Kéktúra, Rockenbauer Pál Dél-dunántúli Kéktúra, Alföldi Kéktúra, Gyermekkéktúra) kapcsolatos feladatokat látják el, valamint ezeket koordinálják.
Turistaút Szakbizottság
A bizottság feladatköre a turistaútvonalak hálózatához, az útjelzési rendszerhez, az útjelzési tevékenységhez és mindezek szabályozásához kapcsolódó szakmai javaslatok és állásfoglalások kialakítása.
Oktatási Bizottság
Az Oktatási Bizottság gondoskodik arról, hogy a gyalogos természetjáráshoz kapcsolódó képzések - mint pl. a gyalogos túravezetői, útjelző-vezetői - a jogszabályi előírásoknak és a kor igényeinek megfelelő keretek között valósuljanak meg.
Minősítési Bizottság
A Minősítési Bizottság feladata az egységes teljesítményrendszer biztosítása. A természetjáró minősítések közül az Érdemes és a Kiváló fokozatokat kezeli. A minősítés célja a rendszeres természetjáró tevékenység elismerése, illetve motiválás a természetjárásban való folyamatos részvételre.
Versenybizottság
A Versenybizottság feladatai közé tartozik a gyalogos természetjáró tájékozódási túraversenyek országos szintű összefogása. A bizottság feladata továbbá a túraversenyzés szabályzatának kidolgozása, az országos bajnoksághoz kapcsolódó versenybírói rendszer működtetése, ahogy a versenybírók képesítése is.
Aranyjelvényes Túravezetők Klubja
Az 1978-ban alapított klub tagságát azok az aranyjelvényes túravezetők alkotják, akik önkéntesen vállalják a klubéletet és az azzal járó feladatokat. A klub legfőbb célja, elsődleges feladata a természetjárás ügyének szolgálata.
